חיבורו המפורסם ביותר שעל שמו הוא נקרא הוא הספר 'פלא יועץ'. הספר פלא יועץ הוא כיום ספר מוסר נפוץ ביותר הנלמד בכל העולם כולו. הספר 'פלא יועץ' הוא ספר מוסר ומושגים יהודיים אותו חיבר רבי אליעזר לפי נושאים על סדר האלפ"א בית"א, הערכים בספר נכתבו בשפה יפה ונקייה השווה לכל נפש, הערך הראשון בספר הוא 'אהבה לקדוש ברוך הוא' והערך האחרון הוא 'תשועה' כשבין שני ערכים אלו מצויים כל עיקרי היהדות. את סיבת מתן השם 'פלא יועץ' מסביר רבי אליעזר בהקדמה לספרו, כך הוא כותב 'קראתי שם הספר הזה פל"א יועץ כי בתיבת פלא רמוז שמי הדל באלפי אליעזר פאפו ס"ט יועץ אנוכי לעצמי ולאנשי גילי אנשי סגולה'.